Hệ thực vật ở Phan Xi Păng khá phong phú. Có tới 1.680 loại cây chia làm 679 chi thuộc 7 nhóm. Có một số loại thuộc nhóm quý hiếm. Dưới chân núi là những cây gạo, mít, cơi với mật độ khá dày tạo nên những địa danh Cốc Lếu (Cốc Gạo), Cốc San (Cốc Mít) v.v. Từ đây đến độ cao 700 m là vành đai nhiệt đới có những vạt rừng nguyên sinh rậm rạp, dây leo chằng chịt. Từ 700 m trở lên là tầng cây hạt trần như pơmu, có những cây ba, bốn người ôm không xuể, cao 50–60 m, tuổi đời tới vài trăm năm. Từ độ cao 2.800 m, phủ kín mặt đất là trúc lùn, những bụi trúc thấp khoảng 25–30 cm, cả thân cây trơ trụi, phần ngọn có một chút lá phất phơ, nên loài trúc này được gọi là trúc phất trần. Xen kẽ là một số cây thuộc các họ như cói, hoa hồng, hoàng liên.